Terbentuknya lembaga MA Mamba’ul Ulum berawal dari pandangan terhadap lulusan Madrasah Tsanawiyah yang semakin tahun semakin banyak, dan sebagian besar dari mereka banyak yang tidak melanjutkan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi yang ada di luar desa bedanten, maka mereka harus terjun ke dunia kerja, dan bahkan banyak diantara mereka yang menjadi pengangguran. Melihat keadaan atau kondisi demikian,  maka beberapa guru merasa terpanggil jiwanya untuk mendirikan lembaga pendidikan yang setingkat dengan SLTA yaitu Madrasah Aliyah. Gagasan para guru tersebut utamanya dimotori oleh Bapak H. R. Abd Madjid, Bapak Munawar, dan Bapak K. H. Ahmad Sofwan. Pada akhirnya mereka berdua ( K. H. Ahmad Sofwan tidak ikut) menghadap kepada Bapak H. Chotib Hamid dan menyampaikan apa yang menjadi masukan dari para guru, sehingga akhirnya beliau menyarankan agar dibuatkan angket untuk mendapatkan masukan / aspirasi tentang perlunya mendirikan madrasah aliyah. Berikutnya perwakilan para guru tersebut menghadap kepada ketua pengurus, yaitu Bapak K. H. Fatah Abdul Aziz dan beliau mendukung apa yang menjadi aspirasi para guru tersebut. Dengan semangat untuk memberikan layanan kepada masyarakat atas tuntutan dan kebutuhan akan jenjang pendidikan yang lebih tinggi, sekaligus sebagai lahan dakwah Agama Islam serta meningkatkan mutu Sumberdaya manusia (SDM), generasi muda di desa Bedanten khususnya, dan umumnya masyarakat sekitarnya, maka  beliau menyetujuinya.

Untuk menghindari peristiwa seperti saat-saat didirikannya Madrasah Tsanawiyah, yakni meruncingnya perbedaan pendapat antara yang setuju dengan yang tidak setuju, maka diambillah suatu cara dengan menyebarkan angket yang dalam hal ini diserahkan kepada R. Abd. Madjid selaku Ketua / Kordinator Tim.

Dari 18 Tokoh masyarakat dan jajaran perguruan ternyata ada 14 suara = 77,77% menyetujui didirikannya Madrasah Aliyah Mamba’ul Ulum Bedanten, Tidak Setuju ada 1 suara = 5,55 %, dan 3 suara = 16,66 % yang menyatakan Ragu-ragu. Dari 14 suara yang setuju, ternyata jawaban para tokoh masyarakat dan para guru sebagian besar tentang argumentasi / alasan perlunya mendirikan madrasah aliyah adalah sebagai berikut :

1. Agar dapat menampung siswa yang tidak mampu melanjutkanke sekolah lain.
2. Agar dapat meningkatkan pengetahuan anak
3. Karena sudah menjadi tuntutan wali murid dan masyarakat.

Selanjutnya utuk jawaban siswa dari 40 orang lulusan madrasah tsanawiyah  sebagai responden tenyata yang setuju didirikam MA sebanyak 38 orang (95%). Dari 38 orang atau siswa tersebut yang bersedia menjadi siswa pertama sebanyak 14 orang (36,84% ), tidak bersedia 8 orang(21.05%) dan sebagai simpatisan 16 orang (42,10%). Namun pada saat dibukanya pendaftaran murid kelas I MA, yang mendaftar dan diterima sebagai siswa kelas I MA kurang lebih 25 orang. Hal ini berarti ada penambahan dari yang semula. Maka pada tanggal 1 Juli 1986 berdirilah MA. Mamba’ul Ulum bedanten, dan terdaftar di Departemen Agama dengan Piagam Nomor : W.m06.02/367/3-C/Ket/1987, tertanggal 15 Oktober 1987.

Adapun kepemimpinan madrasah aliyah sejak berdirinya sampai saat ini adalah sebagai berikut :

1. Tahun 1986 – 1999 : Bapak H. R. Abdul Majid
2. Tahun 2000 – 2002 : Bapak Munawar
3. Tahun 2003 – 2006 : Bapak H. R. Abdul Majid (An. DPK dari Depag)
4. Tahun 2006 – 2007 : Bapak Muhammad Ali Masyhudi, M. Pd
5. Tahun 2008 – 2012 : Ibu Dra. Siti Mutmainnah, M. Pd
6. Tahun 2012 – 2016 : Ibu Dra. Siti Mutmainnah, M. Pd
7. Tahun 2017 – 2018 : Bapak Asnandianto, S. Pd
8. Tahun 2019 – 2020 : Bapak Abdul Rahman, S. Ag
9. Tahun 2020 – 2024 : Ibu Dra. Siti Mutmainnah, M. Pd

Dengan berkembangnya waktu, Madrasah Ibtidaiyah, Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah mengalami perkembangan siswa, tentunya membutuhkan ruang kelas baru (baca = kekurangan ruang kelas) maka pada akhirnya MTs dan MA tetap di jalan H. Thohir dan H. Ridwan, Sedangkan PAUD, TKM-12, dan MI menempati tanah wakaf dari Bapak Sajim, tanah Wakaf dari Bapak K. H. Fatah Abd. Aziz , dan hadiah dari Kepala Desa (tanah tak bertuan) serta amal jariyah dari masyarakat.

                Pada perkembangan berikutnya Pengurus madrasah mendapatkan pemberian tanah wakaf dari bapak H. Anwar Ilyas Gresik. Tanah wakaf tersebut terletak di jalan alternative Bedanten-Sungonlegowo seluas 2196 m’ dekat tanah makam umum (Islam). Diatas tanah tersebut dibangunlah gedung Madrasah Aliyah, sehingga pada tahun 2013, madrasah aliyah yang semula bertempat di jalan H. Thohir dan H. Ridlwan berpindah tempat di gedung baru di dekat tanah makam umum, yang ditempati sampai saat ini,